Las islas se formaron hace 5 millones de años como resultado de actividad tectónica en el fondo marino. Esta isla es muy joven. La actividad volcánica actual aún sigue expandiendo el archipiélago. El archipiélago es uno de los grupos volcánicos más activos del mundo. Muchas de las islas son solamente las puntas de algunos volcanes y muestran un avanzado estado de erosión. Islas como Baltra y North Seymour emergieron del océano por una gran actividad tectónica. Un estudio realizado en el año 1952 por los historiadores Thor Heyerdahl y Arne Skjolsvold reveló que se encontraron cerámicas de algunos pueblos (posiblemente incas) de antes de la llegada de los españoles. Sin embargo, no se han encontrado tumbas, vasijas ni ninguna construcción antigua que revele asentamientos antes de la colonización. Las islas Galápagos fueron descubiertas por casualidad el 10 de marzo de 1535, cuando el barco del obispo de Panamá fray Tomás de Berlanga se desvió de su destino a Perú, donde cumpliría un encargo del rey español Carlos V para arbitrar en una disputa entre Francisco Pizarro y sus subordinados tras la conquista del imperio incaico.
A bordo de la nave Beagle la expedición británica al mando del capitán Robert FitzRoy llegó a Galápagos el 15 de septiembre de 1835 para realizar trabajos de sondeos y cartografía, dentro de una lista de lugares aislados de Europa, como Valparaíso (Chile), Callao, islas Galápagos, Tahití, Nueva Zelanda, Australia, Cabo Buena Esperanza. La nave regresó a Falmouth el 2 de octubre de 1836. El capitán y otros a bordo, incluyendo el joven naturalista Charles Darwin, realizaron un estudio científico de la geología y biología en cuatro de las islas, antes de continuar su expedición alrededor del mundo. El barco recorrió el archipiélago durante cinco semanas, pero Darwin estuvo en tierra solo dos semanas. Investigó a los animales y plantas propios de la región. Los estudios de este viaje permitieron a Darwin formular la teoría del origen de las especies
La Unesco declaró a las islas Galápagos como Patrimonio Natural de la Humanidad en 1979 y, seis años más tarde como Reserva de la Biosfera (1985). En el 2007 la Unesco declaró a las islas Galápagos como Patrimonio de la Humanidad en riesgo medioambiental y estuvo incluida en la Lista del Patrimonio de la Humanidad en peligro hasta 2010.